中環及灣仔繞道和東區走廊連接路項目中隧道的通風系統的設計是一套半橫向系統，包括三棟通風大樓，即西面通風大樓、中部通風大樓、東面通風大樓，以及位於銅鑼灣避風塘東防波堤的東面排風口。
隧道內會安裝先進的通風系統，以改善空氣質素。假如隧道發生火警，通風系統會控制煙霧的流向，並將煙霧有效排出，以確保隧道使用者安全。另外，通風系統亦會加設最新的高效能空氣淨化裝置，使隧道內排出的空氣符合更高的標準。